上盆宿根花卉雖然可以從天然降雨中獲得所需要的水分，但是由于天然降雨的不均勻，常常不能滿足宿根花卉的生長需要。特別是干旱缺雨的季節，對宿根花卉正常生長有很大的影響，因此灌溉工作是宿根花卉養護管理的重要環節。
灌溉用水以軟水為宜，避免使用硬水，最好用河水、池塘水和湖水。井水溫度往往和地面溫度相差較大，一般應抽取存放一段時間后，再行使用；工業廢水常有污染，對植物有害，不可利用。
宿根花卉幼苗期，因植株過小，宜使用細孔噴壺或霧狀噴灌系統噴水，以免水力過大將小苗沖倒并玷污葉面。幼苗栽植后的灌溉對成活關系甚大，幼苗會因干旱而使生長受到阻礙，甚至死亡。一般情況下在移植后要隨即灌一次透水；過3—4天后，灌第二次水；再過5—6天，灌第三次水。灌水完成后要及時松土。有些在盛夏易染病的宿根花卉應控制環境濕度。